没有使用统计方法来预先确定样本量。实验不是随机的，研究人员在实验和结果评估过程中并未对分配视而不见。我们的研究符合所有相关的道德法规。
自2020年8月27日以来，是一项前瞻性，单中心，纵向，介入的临床研究，招募了170名SARS-COV-2感染（疾病严重程度不同）和59个健康对照者的人，旨在描述在24个月的时间内的特定抗体的持久性和中和抗体的持久性。这项研究得到了法国ILE IV道德委员会的批准。在入学时，收集了书面知情同意，参与者完成了一份涵盖社会人口统计学特征，病毒学发现（SARS-COV-2 QRT-PCR结果，包括测试日期），临床数据（症状发作日期，症状类型，住院）和与抗SARS-COV-2-2疫苗有关的数据（如果以往任何时候）（品牌产品，第一个和第二次接待）的问卷调查。每三个月评估参与者的血清学地位。那些接受抗SARS-COV-2疫苗接种的患者在第一次剂量的疫苗（ClinicalTrials.gov识别剂：NCT04750720）进行定期采样。主要结果是用S-Flow测定法测量的SARS-COV-2尖峰蛋白的抗体存在。次要结果是使用S-Fuse测定法测量的中和抗体的存在。在本研究中，我们选择了56个疗养者和59个接种疫苗的个体（16个辉瑞，43个带有阿斯利康）。研究参与者没有获得任何赔偿。
自2020年4月以来，一家前瞻性，单中心的，纵向的，介入的临床研究招募了斯特拉斯堡大学医院的308名医院工作人员，他们对SARS-COV-2感染进行了QRT-PCR-PCR确认的诊断，正在进行中（ClinicalIlaltrialstrials.govsistrials.govsistrials.govsidefier：NCT044444444444444441684）。在入学率（从2020年4月17日开始）中，收集了书面知情同意书，参与者填写了一份涵盖社会人口统计学特征，病毒学发现（SARS-COV-2 QRT-PCR结果，包括测试日期）和临床数据（症状发作日期，症状，症状类型，住院日期）的问卷。这项研究得到了斯特拉斯堡大学医院机构审查委员会的批准。症状发作后的第3和第6个月已经描述了参与者的血清学状况22,23。根据当前的指南（Institut Pasteur; WHO WHO技术指南），至少在纳入鼻咽拭子标本对SARS-COV-2的实验室鉴定至少在纳入鼻咽拭子标本之前至少进行了10天。该测定目标是病毒RNA依赖性RNA聚合酶（RDRP）基因的两个区域，其检测为每个反应10份的阈值。主要结果是用S-Flow测定法测量的SARS-COV-2尖峰蛋白的抗体存在。次要结果是使用S-Fuse测定法测量的中和抗体的存在。在本研究中，我们在第12个月随机选择了47个疗养者（26个未接种疫苗和21个接种疫苗）。研究参与者没有获得任何赔偿。
截至2021年5月21日，Gisaid Epicov数据库上可用的所有SARS-COV-2序列均已检索。如GISAID中所示，分配给B.1.617.1，B.1.617.2和B.1.617.3的完整和高覆盖序列的子集被随机取样，以包含每个国家的最多五个序列，并且包含包装的r lubiration和lubibriation的r中的流行病学周。与单个B.1.617序列一起，该子集包含在用Augur重建的全局SARS-COV-2系统发育中，并用Auspice可视化，并在NextStrain Pipeline中实现（https://github.com/nextstrain/ncov; ncov; ncov; 2021年5月21日的版本）27。在NextStrain中，将每个全局区域的最大序列限制的随机亚采样方法用于上下文非B.1.617序列。补充表1中提供了对分析中使用的所有序列的贡献和发起实验室的确认。
使用Pymol Molecular图形系统v.2.1（Schrödinger）制备了扩展数据中的面板。先前已经描述了使用的原子模型（蛋白质数据库代码：6XR8）28。
当被SARS-COV-210,11有效地感染时，U2OS-ACE2 GFP1-10或GFP 11细胞（也称为S-Fuse细胞）成为GFP+。细胞测试了支原体阴性的细胞。混合细胞（比率1：1），并在96孔板（Greiner Bio-One）中以每孔8×103的底线铺板。将指示的SARS-COV-2菌株与室温下连续稀释的单克隆抗体或血清一起孵育15分钟，并添加到S-Fuse细胞中。使用前，将血清在56°C下热灭活30分钟。十八小时后，用2％多聚甲醛（PFA）固定细胞，用Hoechst洗涤并染色（稀释1：1,000，Invitrogen）。用Opera phenix高含量共聚焦显微镜（Perkinelmer）获取图像。使用Harmony软件（Perkinelmer）对GFP区域和核数进行了定量。使用合胞胞菌的数量作为以下公式进行中和数的百分比：100×（1 - （在“未感染”中具有血清值的值）/（“无感染”中的“无血清” - 值为“无感染”中的值））。每种血清的中和活性表示为ED50值。ED50值（单克隆抗体的μgml -1和血清稀释值中的μgml -1）使用在不同浓度下中和的重建曲线计算。
一名54岁的男子于2021年4月27日被送往法国巴黎HôpitalEuropéenGeorges Pompidou医院的急诊科，患有发烧的急性呼吸遇险综合症。他没有医疗背景，从前往印度旅行（西孟加拉邦和德里花了几天），前10天（2021年4月17日），在那里他工作了15天。症状（腹痛和发烧）的发作约为2021年4月18日。鼻咽拭子在入院之日对SARS-COV-2的阳性呈阳性。肺tomo-dementimementy表现出轻度（10-25％）的肺炎，没有肺栓塞。他最初接受了氧疗法（2 l min -1），地塞米松（每天6毫克）和依诺司帕林（每天两次0.4毫升）。他的呼吸状态在第3天（2021年4月30日）恶化。他被转移到一个重症监护病房，在那里他接受了高流量氧疗法（最多12 l min-1）。他的呼吸状况得到了改善，并于2021年5月5日（2021年5月5日）转移回常规单位。他在第15天（2021年5月10日）出院。
参考D614G菌株（HCOV-19/France/GE1973/2020）由由S. van der Werf领导的国家参考呼吸道病毒中心提供。这种病毒应变是通过欧洲病毒档案 - 全球（Evag）平台提供的，该项目已从欧盟Horizon 2020年的研究和创新计划中获得了授予协议第1号的资金。653316。使用Vero E6细胞从鼻拭子分离出变体菌株，并通过一两个段落进行扩增。B.1.1.7起源于从英国返回的人（法国）的个人。B.1.351（HCOV-19/法国/IDF-ipp00078/2021）起源于Creteil（法国）的个人。如上所述，从一名住院的患者的鼻咽拭子中分离出B.1.617.2。该拭子由HopitalEuropéenGeorges Pompidou的Laboratoire de Virologie（援助PubliquedesHôpitauxde Paris）提供和测序。所有个人均提供了使用生物材料的知情同意。在Vero E6上进行了病毒量的滴定，并具有限制稀释技术，允许计算TCID50或S-Fuse细胞。病毒直接在鼻拭子上进行测序，并在Vero细胞上进行一两个通道后。序列产生后立即存放在GISAID数据库中，并带有以下ID：D614G：EPI_ISL_414631；B.1.1.7：epi_isl_735391;B.1.1.351：epi_isl_964916;B.1.617.2：ID：epi_isl_2029113。
维罗细胞在多种感染（MOI）为0.1的情况下用指示的病毒菌株感染。两天后，使用PBS-EDTA将细胞分离，并转移到Ubottom 96孔板中（每孔50,000个细胞）。在室温下将细胞固定在4％PFA中15–30分钟。然后在室温下将细胞与指定的单克隆抗体（1μgml -1）在PBS，1％BSA，0.05％叠氮化钠和0.05％皂苷中孵育15-30分钟。用PBS洗涤细胞，并使用抗IGG AF647（1：600稀释）染色（Thermo Fisher Scientific）。还对对照未感染的细胞进行染色。使用Attune NXT软件v.3.2.1（Life Technologies）在Attune NXT仪器上获取数据，并使用Flowjo v.10.7.1（Becton Dickinson）进行了分析。
四种治疗抗体由CHR Orleans提供。人类抗SARS-COV2单克隆抗体是从康复的covid-19的个体的S特异性血液记忆B细胞中克隆的（C.P.等人，手稿中的手稿）。Recombinant human IgG1 monoclonal antibodies were produced by co-transfection of Freestyle 293‐F suspension cells (Thermo Fisher Scientific) as previously described29, purified by affinity chromatography using protein G sepharose 4 fast flow beads (GE Healthcare) and validated by enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) against the trimeric S, RBD,S2和NTD蛋白（C.P.等人，制备中的手稿）。
使用FlowJo V.10软件（TRISTAR）分析流式细胞仪数据。使用Excel 365（Microsoft）进行计算。使用GraphPad Prism 9绘制数字。使用GraphPad Prism 9进行了统计分析。使用每个图传说中指示的测试计算不同组之间的统计显着性。
有关研究设计的更多信息可在与本文有关的自然研究报告摘要中获得。
