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工学院现设置有6个本科专业：“农业机械化及其自动化”、“机械设计制造及其自动化”、“农业建筑环境与能源工程”、“电子信息工程”、“农业水利工程”、“车辆工程”； 现有“农业工程”和“机械工程”两个一级学科硕士学位授权点，下设农业机械化工程、农业生物环境工程、农业电气化与自动化、农业水土工程、机械设计及理论、机械电子工程、车辆工程、机械制造及其自动化等二级学科硕士学位授权点。“农业机械化工程”学科为安徽省省级重点学科，“农业建筑环境与能源工程”学科为校级重点扶持学科，“农业机械化工程”实验室为校级重点扶持实验室。
工学院现有在职教职工77人，其中教授9人，副教授29人。教师中具有博士学位15人（其中博士后4人），在职攻读博士学位12人，70%以上具有硕士学位。学院聘请了十多位国内外著名专家学者担任“讲席教授”和“客座教授”。现有在校学生1519人（其中本科生1479人，硕士研究生40人），近三年来的毕业生一次就业率均在90%以上。主要研究方向有：农业生产机械化及其机器系统、农业装备机电一体化系统、工程系统的计算机模拟、车辆结构与环境保护、农产品加工工程、机械设计制造系统等。 “九五”、“十五”、“十一五”期间先后承担国家、省级重点科研攻关及科研项目38项，近年来发表学术论文400多篇，编著出版教材及专著20部，获省级科技成果三等奖3项、国家专利12项。
根据安徽农业大学办学定位、办学指导思想和规划，工学院坚持和突出以教学为中心、以本科教育为主体，以提高教学质量、培养高素质人才为目标，以农业工程学科为依托，大力发展城乡工业化、农村城镇化和现代化建设急需的工程学科专业，同时努力发展研究生教育，经过“十一五”期间的发展，学院办学初步形成了自身的特点和优势,在“十二五”期间，学院将积极创造条件申报“农业工程”一级学科博士学位授权点，形成以本科教育为主体，博士、硕士、本科和成人继续教育层次齐全，产、学、研紧密结合，突出为“三农”服务的、具有工程学科特色的教学研究型学院。
现有专职教师19人，其中正、副教授9人，教师中有5人具有博士学位，在读博士3人，先后主持和参与包括国家自然科学基金、安徽省自然科学基金等科研项目二十多项，主编和参编教材十多部，发表科研论文100多篇，并有1人获国家优秀教师、1人获安徽省优秀教师称号。
机电工程系下设“机械制造及其自动化”、“电子信息工程”和“车辆工程”三个就业前景好的本科专业和机械设计及理论、车辆工程两个硕士学位授予点，多年来已为社会培养了近2000名高级技术人才。
工学基础教学部现有教师19人，其中副教授9人、讲师10人，硕士生导师3人，具有硕士学位4人，在读博士2人，在读硕士3人。 工学基础教学部现有教师19人，其中副教授9人、讲师10人，硕士生导师3人，具有硕士学位4人，在读博士2人，在读硕士3人。
工学基础教学部承担了工学院及全校相关专业的工程制图、机械学、力学、电工、电子等基础课程教学任务，并承担本科毕业生的设计（论文）指导。基础教学部教师除了积极承担教学任务外，还积极参加教学研究和科学研究。工学基础部承担了《机械制图》、《电工技术》、《电子技术》、《机械原理》、《机械设计》几门校级重点课程建设并顺利通过校级验收，其中《机械原理》被评为校级优秀课程并列入学校精品课程。主持和参加了各类科研项目45项，发表教学和科研论文136篇。承担了工学院及全校相关专业的工程制图、机械学、力学、电工、电子等基础课程教学任务，并承担本科毕业生的设计（论文）指导。基础教学部教师除了积极承担教学任务外，还积极参加教学研究和科学研究。工学基础部承担了《机械制图》、《电工技术》、《电子技术》、《机械原理》、《机械设计》几门校级重点课程建设并顺利通过校级验收，其中《机械原理》被评为校级优秀课程并列入学校精品课程。主持和参加了各类科研项目45项，发表教学和科研论文136篇。 学基础实验教学中心现有实验教师6人，其中教授1人，中级职称3人，先后承担省、部级科研项目5项，校级教研项目共8项，主编教材1部，参编教材3部，自编实验教材十多部，发表科技论文共40多篇；获得校级教学成果奖3项。
工学基础课实验教学中心下设：电工电子实验室、力学与机械学实验室、计算机工程绘图实验室等三个实验室，七个实验分室。
目前，工学基础课实验教学中心面向全校工科院系开课，涉及工学院、信息与计算机学院、林学与园林学院、轻纺工程与艺术学院、经济技术学院等5个学院。其中电工电子实验室授课课程包涵“电路分析”、“电工技术”、 “电子技术”、“建筑电工”、“模拟电子技术基础”、“数字电子技术基础”、“半导体变流技术”、“机床电气控制技术”等课程相关实验；力学与机械学实验室授课课程包涵“机械原理”、“机械设计”、“材料力学”等课程相关实验；计算机工程绘图实验室授课课程包涵：“建筑制图”、“计算机绘图”、“机械优化设计”、“计算机辅助设计”、“C语言”、“数据库”等课程相关实验。 机电工程园是安徽农业大学工学院开展实践教学的重要基地之一，除接纳学生金工教学实习之外，还可接纳学生专业实习、毕业实习、科研活动等多层次的实践教学和勤工俭学活动，并且还可对外承接机械加工业务。投资460多万元的机电工程园一期工程项目机械加工训练中心3500平方米厂房建设，于2005年5月竣工。按照校党委、校行政的要求，厂房建成后，必须利用现有条件，滚动发展，采取多途径筹集资金，用于扩充机电工程园规模、设备的添置，在机电工程园建设过程中，坚持高起点、高质量、高标准建设的原则，机电工程园作为校办工厂，不仅是学校教学、科研、生产三结合的基地，同时也是学校工作的重要组成部分。新建成的机电工程园，要为机械工程类专业的实践教学和科研提供场所及设备的支持，培养适应21世纪国民经济和社会发展的、适应市场需要的高级专门人才和实用人才，同时也通过生产经营活动增加收入，为机电工程园的持续发展积累资金，并使国有资产保值增值。目前，已有200多万元的设备陆续安装到位。
机电工程园机械加工训练中心目前承担全校的金工实习教学任务，实习车间主要有先进制造技术室（一）、（二），机械加工车间，钳工和铸造车间，锻造和焊接车间。
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