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“实行免、抵、退税办法的“抵”税，是指对生产企业出口自产货物所耗用的原材料、零部件、燃料、动力等所含应予退还的进项税额，抵顶内销货物的应纳税额”。这其实可以理解为在实践中，“免、抵”两个环节是同步进行的，免抵之后再确定是否应退以及应退多少税额。
1、生产企业自营出口，按照实际FOB价折算人民币计算。
100X7.5X5%=37.5
工厂用"免、抵、退"方法计算，实际应交税金为100X7.5X17%=127.5
实际操作中,127.5是应交税,实际并不交,37.5是应退税实际也不退。关键看其他已交税(进项税)是多少，如果进项税+应退税大于127.5了，则不上不退，如果小于127.5，差额上税。
2、贸易公司就简单了，计算退税不按出口价格计算，按收购价格计算。
假如含税收购价是700元，那个在工厂开出的"增殖税专用发票"中，货款是598.29，税金是101.71(这是工厂的销项税)，实际退税是598.29X5%=29.91。
1.留抵退税与出口退（免）税的基本机理不同
现行增值税一般计税方法基本上采用的是购进并确认用途的扣税法，包括按规定计算的可抵扣税额等（为了使问题看起来简单直观一点，在探讨过程中均不掺合特殊的进料加工贸易业务）。
留抵退税方法主要是对按规定取得或准予计算的进项税额因未能从销项税额抵扣而产生的留抵税额按规定计算并予以退还。其留抵税额的形成原因主要包括尚未实现应税销售、销售环节适用低税率和购进环节适用高税率的税率差（即俗称“低征高抵”业务）、因价格折让等原因产生的进销价格倒挂、研发项目失败但耗用了研发材料和服务以及创业期或成长期存在大额固定资产、无形资产投入和各类囤货等情形，如农机产品、滞销折价销售产品等。一般来说，有前期税款的入库才有后期税款的退税，这是基本原则。留抵退税受进项构成比例的限制，并不是充分退税。笔者认为主要是考虑上一层级的纳税人实际未缴纳但取得规定凭证后准予计算抵扣的进项税额因其属性不同而不予办理退税（如农产品普通发票），以及税收风险可控性的需要。
免抵退税方法主要是针对生产型出口企业已经实现的适用零税率的出口销售行为，其按规定取得的进项税额形成的留抵税额按规定计算并予以退还。其没有进项构成比例的限制。免退税方法主要是针对贸易型出口企业已经实现的适用零税率的出口销售行为，其按规定取得的准予退税的对应进项税额按规定计算并予以退还。其取得的是普通发票等规定的凭证则不予退税。
由此可见，留抵退税与出口退（免）税的主要区别是，留抵退税主要是针对应税行为按适用税率征收增值税的情形，一般情况下属于充实纳税人现金流“血液”的资金流优惠，不属于税额减征优惠，但特殊情况下是对应税行为所包含的上一层级已经缴纳的多缴增值税的返还，如低征高抵的企业、增值额为负数的企业等。出口退（免）税主要是针对应税行为按零税率不收取销项税额的情形，属于国际上普遍采用的利于出口的退还已缴纳税额的税额返还优惠。
2.留抵退税与免抵退税存在混同现象
生产型企业从出口业务的始点到终点的销售与购进相匹配的完整性全过程来看，单纯的免抵退税的最终结果是对出口销售适用零税率业务所对应的进项税额的退还，体现出口退税的本质。但从具体办理免抵退税的时点来看，由于取得进项或退税凭证后的抵扣或退税时点并不与对应的出口销售实现时点同步匹配一致，或前或后，具有时间性的差异，在现行免抵退税计税办法产生的应退税额中，有时包含了暂时性留抵退税的影子，有时体现为当期办理出口退税款的不足。
举例说明，税舟公司是增值税一般纳税人，生产销售涤纶服装内销和棉织品服装出口业务。
2022年5月份，境内销售涤纶服装100万元，出口棉织品服装FOB价200万元，退税率为13％，取得并确认抵扣的涤纶面料进项税额20万元，棉面料进项税额5万元，期初留抵税额为0。该月应纳增值税＝（100×13％＋200×0％）－（20＋5）＝－12万元，免抵退税总额＝200×13％＝26万元，免抵税额＝26－12＝14万元，应退税额＝12万元。这是按现行免抵退税政策计税的结果，从揭示实质的视角来看，出口棉织品服装应该退还的是棉面料进项税额5万元，7万元相当于是办理了内销涤纶服装的留抵退税。
2022年6月份，境内销售涤纶服装200万元，无出口，取得并确认抵扣的涤纶面料进项税额10万元，棉面料进项税额15万元。该月应纳增值税＝100×13％－（10＋15）＝1万元。从5月份和6月份联动来分析，6月份相当于将5月份涤纶面料进项税额7万元的留抵退税款进行返纳，同时退还使用于出口服装的棉面料进项税额7万元的出口退税款。
因此，现行免抵退税办法实质性存在隐藏的留抵退税与应退出口退税混同的现象，通俗地说，就是将两种方法隐藏在滚动计算中，但从完整性来看并不影响出口业务的整体退税税额的最终结果，仅仅存在时间性差异，政策安排上符合便利化办税的基本要求，无需分别核算，徒增复杂性，从数理逻辑上予以综合计算即可。
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